Ab 1525 verlor die Reformationsbewegung nach und nach ihren Charakter als Volksbewegung und wurde immer stärker zu einer Angelegenheit der Landesfürsten.

Diese waren aus der fürchterlichen  Niederlage der Bauern und der Zerschlagung ihrer Aufstände wesentlich  gestärkt hervorgingen. Als deren Folge entwickelten sich so etwas wie Landeskirchen.

Luther war allerdings - übrigens wie die meisten seiner Zeitgenossen - der Meinung, eine konfessionelle Vielfalt  sei innerhalb eines Herrschaftsbereiches eines Fürsten oder Landesherren undurchführbar. Er forderte die Andersgläubigen daher ziemlich rüde auf, auszuwandern und das Territorium des jeweiligen Regenten zu verlassen.

Da sich in deutschsprachigen Gebieten zunächst kein katholischer Bischof der Reformation anschloss und eine willkürliche Ausgrenzung Andersgläubiger für Luther von Gott verbotene Amtsanmaßung war, bat er 1525 den sächsischen Kurfürsten darum, als wichtigen Verantwortlichen der Kirche deren Visitation - d. h. die Überprüfung des Klerus auf Glaubenstreue und Amtsführung im Sinne des Evangeliums - anzuordnen.

Dieses pragmatische und situationsbedingte Notkonzept wurde bald zur Regel in evangelischen Gebieten und begünstigte dort die Entwicklung zu konfessionellen Landeskirchen, die von den Landesfürsten in der Folge zwar geschützt, aber oft auch gelenkt und von ihm abhängig waren.

Auf dem ersten Reichstag zu Speyer 1526 war dieser Beschluss teilweise revidiert worden, indem die Ausführung des Wormser Edikts den Reichsständen überlassen wurde.

Jeder Fürst sollte es mit der Religion so halten, wie er es vor König und Gott rechtfertigen könne.

Knapp drei Jahre nach dem Reichstag des Jahres 1526 berief Kaiser Karl V. für den 1. März 1529 in Speyer einen neuen Reichstag ein. Er ließ sich wiederum durch seinen Bruder Ferdinand vertreten, denn er sah sich wegen des Krieges mit Frankreich nicht in der Lage, persönlich zu erscheinen.

In seiner Eröffnungsrede gab Ferdinand den Beschluss des Kaisers, die Aufhebung des Reichsabschiedes*) von 1526, bekannt, da daraus „großer Unrat und Missverstand“ entstanden sei, und bedrohte jede „Verführung zu unrechtem Glauben“ mit der Reichsacht.

*) Als Reichsabschied, auch Reichsrezess genannt, wird die Gesamtheit der auf einem Reichstag des Heiligen Römischen Reiches beratenen und erlassenen Bestimmungen bezeichnet, die der Kaiser am Ende zu verlesen hatte.

Bis zum Jahre 1654 begannen die Reichstage - neben zeremoniellen Akten - mit der Verlesung der kaiserlichen Proposition, der vom Kaiser vorab festgelegten Tagesordnung, und sie endeten mit Verlesung und Beurkundung der Beschlüsse, dem Reichsabschied.

Bis zur Klärung auf einem noch einzuberufenden Konzil sollten alle Neuerungen untersagt bleiben. Immerhin gab er noch Zugeständnisse:

„Wer bis jetzt das Wormser Edikt gehalten, soll dies auch ferner tun. In den Landschaften, wo man davon abgewichen, soll man doch keine weitere Neuerung machen und niemand verwehren, Messen zu halten.

Die Sekten endlich, welche dem Sakramente des wahren Leibes und Blutes widersprechen, solle man ganz und gar nicht dulden, so wenig wie die Wiedertäufer.“

Am 19. April wurden die Bedenken gegen den Reichsabschied von 1526 von der Mehrheit der katholischen Stände angenommen.

Den Evangelischen wurde dabei erklärt, sie sollten sich „dem ordentlich und gehörig behandelten Beschlusse“ der Mehrheit beugen. Daraufhin verließen die evangelischen Fürsten den Saal.

Als sie nach kurzer Beratung etwas später wieder zurückkehrten, wollte Ferdinand den Saal verlassen und weigerte sich, sie anzuhören. So wurden ihre Einwände verlesen: Man protestiere gegen den Beschluss der Mehrheit, den Reichsabschied von 1526 aufzuheben.

Ferdinand verlangte ziemlich erregt und lautstark, sie sollten „den Beschluss gefälligst annehmen und gehorchen“.

Die evangelischen Fürsten ließen darauf hin am 20. April eine Protestationsschrift überreichen, deren Annahme Ferdinand verweigerte. So kam sie nicht zur Verlesung, gelangte aber als Druckschrift an die Öffentlichkeit.

Darin heißt esunter anderem: „...So protestieren und bezeugen wir hiermit offen vor Gott, unserem alleinigen Erschaffer, Erhalter, Erlöser und Seligmacher, der allein unser aller Herzen erforscht und erkennt, auch demnach recht richten wird, auch vor allen Menschen und Kreaturen, dass wir für uns, die Unsrigen und aller männiglich halben in alle Handlung und vermeinten Abschied nicht gehelen noch billigen, sondern aus vorgesetzten und anderen redlichen gegründeten Ursachen für nichtig und unbündig halten..."

Fünf Fürstentümer und 14 Städte aus Oberdeutschland legen gegen die Aufhebung des Reichsabschiedes die Protestation zu Speyer ein. Bis heute erinnert die neugotische Gedächtniskirche in Speyer an die Protestation der evangelischen Stände.

Die unten angeführten sechs Fürsten und vierzehn Reichsstädte als Vertreter der protestantischen Minderheit traten auf dem Reichstag zu Speyer auch gegen die Verhängung der Reichsacht gegen Martin Luther sowie die Ächtung seiner Schriften und Lehre ein und forderten das Recht der  ungehinderten Ausbreitung des evangelischen Glaubens ein.

Die sechs Fürsten:

Kurfürst Johann von Sachsen

Markgraf Georg von Brandenburg-Ansbach

Herzog Ernst von Braunschweig-Lüneburg

Herzog Franz von Braunschweig-Lüneburg

Landgraf Philipp von Hessen

Fürst Wolfgang von Anhalt

Die 14 Reichsstädte:

Heilbronn, Isny, Kempten, Konstanz, Lindau, Memmingen, Nördlingen, Nürnberg, Reutlingen, St. Gallen, Straßburg, Ulm, Weißenburg, Windsheim

Seit der Protestation von Speyr nennt man die evangelischen Christen auch Protestanten.

Kurfürst Johann der Beständige von Sachsen

Gregor Brück (Pontanus), Kanzler des Kurfürsten Johann von Sachsen

Philipp Melanchthon, Begleiter des Kurfürsten Johann von Sachsen

Simon Grynaeus, Begleiter Philipp Melanchthons

Johann Agricola, Hofprediger des Kurfürsten Johann von Sachsen

Landgraf Philipp von Hessen

Erhard Schnepf, Hofprediger des Landgrafen Philipp von Hessen

Markgraf Georg von Brandenburg

Herzog Ernst von Braunschweig-Lüneburg

Herzog Franz von Braunschweig-Lüneburg

Johann Förster, Kanzler der Herzöge Franz und Ernst von Braunschweig-Lüneburg

Fürst Wolfgang von Anhalt

Graf Wilhelm von Fürstenberg

Bürgermeister Christoph Tetzel, Vertreter der Stadt Nürnberg

Bürgermeister Christoph Kreß, Vertreter der Stadt Nürnberg

Bürgermeister Bernhard Paumgartner, Vertreter der Stadt Nürnberg

Rat Jakob Sturm, Vertreter der Stadt Straßburg

Ammann Matthias Parrer, Vertreter der Stadt Straßburg

Bürgermeister Bernhard Besserer, Vertreter der Stadt Ulm

Bürgermeister Sebastian Hagelstein, Vertreter der Stadt Windsheim

Bürgermeister Josef Weiß, Vertreter der Stadt Reutlingen

Beim folgenden Reichstag zu Augsburg 1530 wollten Luthers Anhänger den protestantischen Glauben endlich auch reichsrechtlich anerkennen lassen.

Dazu verfasste Melanchthon sozusagen ein "protestantische Glaubensbekenntnis", die „Confessio Augustana“, die Kaiser Karl V. auf dem Augsburger Reichstag überreicht und schließlich von ihm geduldet wurde.

Luther konnte als Geächteter nicht daran teilnehmen und unterstützte seine Anhänger von der Feste Coburg aus, kritisierte aber auch einige der Kompromissformeln von Philipp Melanchthon als zu nachgiebig und entgegenkommend

Nach dem Augsburger Reichstag trat Luther nur noch seelsorgerlich und publizistisch hervor.

Er hielt bis 1545 Vorlesungen in Wittenberg, jedoch seit 1535 fast ausschließlich über die Schöpfungsgeschichte.

Mit verschiedenen Stellungnahmen zu theologischen und politischen Einzelfragen versuchte er zudem weiterhin, den Fortgang der Reformation zu beeinflussen, jedoch mit weit weniger direkten Wirkungen, als dies sein Wunsch gewesen wäre.

In den Türkenkriegen (1521-1543) forderte Luther den Kaiser und die Reichsstände 1529 angesichts der Belagerung Wiens (wie übrigens viele andere Theologen beider Lager) zum gemeinsamen Verteidigungskrieg auf, jedoch anders als die Katholiken mit vehementer Ablehnung der Kreuzzugsidee.

Seit 1535 rief er jedoch in einigen Schriften dazu auf, den „Feinden Christi“ mit schärfstem Zorn zu begegnen.

So befürwortete er plötzlich etwa gegen seinen Grundsatz "Ketzer verbrennen ist wider den Willen des Heiligen Geistes" (1519) die Verfolgung der Täuferbewegung.

1535 beendeten katholische wie evangelische Fürsten gemeinsam das Täuferreich von Münster.

1543 erschien „Von den Juden und ihren Lügen“, 1545 das sehr kämpferische und leidenschaftliche Traktat „Wider das Papsttum zu Rom, vom Teufel gestiftet“.

Luther setzt zwar seine Predigttätigkeit trotz vielerlei Enttäuschungen und schweren Erkrankungen fort. Auch seine Lehrtätigkeit an der Wittenberger Universität führt er bis zu seinem Tod weiter. Die letzte Vorlesung beendet er allerdings mit der Aussage: "Ich bin zu schwach, ich kann nicht mehr!"

Trotz eines schon länger währenden Herzleidens reist Luther im Januar 1546 über Halle nach Eisleben, um einen Streit des Grafen von Mansfeld (übrigens erfolgreich) zu schlichten.

Dort erleidet er einen schweren Herzanfall. Er hat nicht mehr die Kraft, nach Wittenberg zurück zu kehren und stirbt in Eisleben am 18. Februar 1546.

Sein Leichnam wird nach Wittenberg überführt und am 22. Februar in der Schlosskirche in Wittenberg beigesetzt.

Die Grabrede hält der Stadtpfarrer von Wittenberg, Johannes Bugenhagen, der ihn auch getraut hatte.

Nach dem Tod Martin Luthers nahm sich Bugenhagen Luthers Witwe und Kinder an.